不锈钢发酵罐的自动化清洗方法，通常是采用自动化操作。常用的方法就是清洗球清洗，清洗球有分固定清洗球，旋转清洗球，双循环清洗器等。
固定清洗球：传统的固定洗球是常用的清洗装置。固定清洗球有分不同形式、尺寸和清洁能力的洗球，固定清洗球可以将清洗液喷射到罐壁，进行固定简单的清洗。固定洗球用于冲洗罐壁。从带孔的单独喷孔中喷射出水，流射到罐壁上的同一位置。由于喷口的尺寸限制，每一冲击点喷射到罐壁的力量都很有限，没有冲击到的点水量实际为零。所以为了达到所要求的清洗效果，企业须采用大量、高浓度的化学清洗剂或高温清洗液，进行长时间的清洗。
旋转清洗球：在实际清洁使用上旋转清洗球的方式和效果要优于传统的固定洗球。由旋转清洗球的喷头以不定时的方式喷射到不锈钢发酵罐罐壁上，在清洗方式和机械冲击力的结合上比固定清洗球用水少、化学药品消耗少，更可在短时间内去除残留物。
双循环清洗器：双循环清洗可对不锈钢发酵罐进行有效的清洗，喷洗形式有中上喷，中下喷，全喷，在360度范围内喷洗，高清洗效率，低耗水量、耗能量和化学剂用量；卫生结构，带清洗液的自润滑，可在任何角度万向洗罐。
